“十二五”以来，云南全省农业科技投入逐年增加，科技成果不断涌现，科技创新综合实力不断增强，“科技兴农”成效显著，科技创新为高原特色农业的现代化发展注入新活力。
2011—2015年，云南省农业领域获得国家科技项目支持135项，总经费28018万元；通过重大专项、创新强省、重点新产品、科技惠民、富民强县等省级科技计划累计在农业领域立项1442项，支持财政经费69072.96万元，组织实施了87个战略性新兴产业重大项目，突破92项关键核心技术，研究开发出113个具有自主知识产权的重点新产品。全省应用类科技成果登记总数3498项，其中农业类科技成果登记数1162项，所占比例为33.2%。农业类科技成果获国家科技进步奖二等奖9项；获得省级科学技术奖励218项，其中农作物品种创新、产业技术升级、新产品研发等重点领域的获奖成果195项，占获奖项目总数的89.4%。
农作物方面（截至2014年），云南省共审定农作物新品种474个，登记作物新品种384个，鉴定作物新品种53个。粮食实现十二连增、烟草、核桃、橡胶、鲜切花、咖啡、茶叶、甘蔗等经济作物面积及产量均居全国前列。培育花卉新品种累计419个，花卉新品种数和种类居全国第一,拥有自主知识产权的大宗鲜切花新品种占全国总数的90%以上。在创新驱动发展战略的引领下，全省甘蔗亩产从3.7吨提高到4.2吨，甘蔗糖分、出糖率连续多年位居全国第一，蔗糖单线生产规模日处理能力达14000，吨居全国第一，蔗糖企业绩效达标评比全国第一，蔗糖领域工农业总产值达250余亿元。烟草品种选育、繁育、推广技术国内领先，烤烟种子供种占全国75%以上。
云南全省培育并通过审定（认定）林木新品种累计达478个，林业良种使用率达50%。全省可利用的木本油料良种已达267个，全省木本油料基地建设良种和采穗基地穗条使用率、合格苗使用率均达95%以上。“热垦523”和“热垦525”两个胶木兼优橡胶品种被农业部遴选为主导品种。
“滇撒配套系”、“滇陆”猪、“云岭牛”通过国家级新品种审定。云南省9个畜禽品种列入国家畜禽品种资源保护名录，56个品种列入全国畜禽遗传资源名录，其中新发现的畜禽遗传资源18个，是云南省畜牧业进一步发展的潜在优势。
